Nhạc cụ yêu thích của Stern là Ysaÿe Guarnerius, một trong những cây đàn vĩ cầm do nghệ nhân làm đàn người Cremona Giuseppe Guarneri del Gesù sản xuất.[18] Trước đây cây đàn đã được chơi bởi nghệ sĩ vĩ cầm và nhà soạn nhạc Eugène Ysaÿe .

Trong số vài cây đàn khác khác, Stern cũng sử dụng cây "Kruse-Vormbaum" của Stradivarius (1728), "ex-Stern" Bergonzi (1733), "Panette" Guarneri del Gesù (1737), Michele Angelo Bergonzi (1739–1757), "Arma Senkrah" của Guadagnini (1750), một cây của Giovanni Guadagnini (1754), một bản sao JB Vuillaume của "Panette" Guarneri del Gesu năm 1737 (khoảng 1850), và "ex-Nicolas I" của J.B Vuillaume (1840). Ông cũng sở hữu hai nhạc cụ chế tác đương đại của Samuel Zygmuntowicz và cây Jago Peternella của Ý.

Năm 2001, bộ sưu tập nhạc cụ, vĩ và các bản thảo âm nhạc của Stern đã được bán thông qua Tarisio Auctions. Cuộc đấu giá tháng 5 năm 2003 đã thiết lập một số kỷ lục thế giới và vào thời điểm đó là cuộc đấu giá vĩ cầm có doanh thu cao thứ hai mọi thời đại, với tổng doanh thu hơn 3,3 triệu đô la.[19]